Հովհաննես Մանուկյանը ժամանակակից հայ երաժշտարվեստի բազմաշերտ ու ինքնատիպ ներկայացուցիչներից է՝ կոմպոզիտոր, դաշնակահար, երգեհոնահար, կլավեսինահար, ջազային երաժիշտ և երաժշտագետ։ Նրա արվեստը միահյուսում է աստվածաշնչյան խոր ներշնչանքը, կատարողական վարպետությունը և ոճական բազմազանությունը։
Մանուկյանի ստեղծագործական հենքը հաճախ ձևավորվում է Սուրբ Գրքի խորհրդաբանությամբ։ Նրա երաժշտության մեջ նկատելի է աստվածային ներկայության ձգտումը, խորհրդավորի և հավերժի որոնումը։ Անկախ ձևից՝ լինի դա կամերային գործ, սիմֆոնիկ, թե երգչախմբային ստեղծագործություն, այդ թեման մշտապես ներկա է։ Նա գրում է դաշնամուրի, երգեհոնի, կամերային և սիմֆոնիկ կազմերի համար, որոնցում բացահայտվում է նուրբ գունապնակի և կառուցվածքային խորության զգացողություն։
Որպես դաշնակահար՝ Մանուկյանն առանձնահատուկ հակում ունի Յոհան Սեբաստիան Բախի հանդեպ։ Նա Բախի երաժշտության մեջ տեսնում է ոչ միայն տեխնիկական կատարելություն, այլև՝ ամենակարևորը, աստվածայինի ներգործությունը։ Վերջերս Հովհաննես Մանուկյանը հանդես եկավ հիշարժան համերգով՝ նվիրված իր հոր՝ ճանաչված ֆլեյտահար և սաքսոֆոնահար Կոնստանտին Մանուկյանի հիշատակին։ Համերգային ծրագիրը ամբողջությամբ բաղկացած էր Բախի գործերից՝ մի յուրօրինակ խնկարկում և հոգևոր միացում։
Երգեհոնահար Մանուկյանի կատարողականությունը հատկապես վերաբերում է Բարոկկոյի դարաշրջանի վարպետներին՝ Դիտրիխ Բուկստեհուդեին և նույն Բախին։ Սակայն նա նույնքան հարազատությամբ է դիմում նաև 20-րդ դարի մեծագույն միստիկներից մեկի՝ Օլիվիե Մեսսիանի երաժշտությանը։ Այս ընտրությունը խոսում է Մանուկյանի խորախորհուրդ և հոգևոր ընկալման մասին։
Վերջին տարիներին Մանուկյանը հանդես է գալիս նաև կլավեսինով՝ Կոմիտասի անվան կամերային երաժշտության տանը։ Նոր կլավեսինի հայտնվելը բեմում, նրա մեկնաբանությամբ, հնարավորություն է տալիս նոր շունչ հաղորդել հին երաժշտությանը՝ համադրելով պատմական ու ժամանակակից կատարողական մտածողությունը։
Չնայած ակադեմիական կրթությանը և խորը գիտելիքներին՝ Մանուկյանը չի սահմանափակում իրեն միակողմանի ստեղծագործությամբ։ Նա ակտիվորեն ստեղծագործում է նաև ջազում՝ ելույթ ունենալով տարբեր կազմերով, այդ թվում՝ ֆլեյտահարուհի Նելլի Մանուկյանի և այլ երաժիշտների հետ։
Որպես արվեստագիտության թեկնածու՝ Հովհաննես Մանուկյանը ուսումնասիրում է երաժշտությունը՝ փորձելով լուսաբանել այն խոր շերտերը, որոնք հաճախ մնում են ակնհայտի սահմաններից դուրս։ Նրա գիտական հայացքը հարստացնում է նաև կատարողական մոտեցումները՝ դարձնելով նրան լիարժեք ու ամբողջական երաժիշտ մտավորական։
Այսօր, երբ երաժշտական աշխարհը պահանջում է և՛ խորացված մասնագիտացում, և՛ լայնախոհություն, Հովհաննես Մանուկյանը մարմնավորում է այդ երկուսի ներդաշնակ միավորումը՝ դառնալով հայ ժամանակակից մշակույթի կարևոր ներկայացուցիչ։
