Նրա կյանքի առաջին երկու հատվածներն անցան մայրաքաղաքներում։ Ծնվել էր հայոց հոգևոր մայրաքաղաքում` Սուրբ Էջմիածնում։ Այստեղ էր ուսումնասիրել երաժշտությունը, այստեղից էր մեկնել Ռուսական կայսրության մայրաքաղաք` Սանկտ Պետերբուրգ` կատարելագործվելու։
Կյանքի երրորդ` վերջին հատվածն անցկացրեց Թիֆլիսում։ Այստեղ նրան ամենևին ջերմությամբ չընդունեցին։ Ռուսական երաժշտական ընկերության Թիֆլիսի բաժանմունքի տնօրինությունն անուշադրության ու անտարբերության մատնեց նրան, դրանից էլ նրա մոտ առաջացավ սթրեսը, հոգեկան անհավասարակշռությունը։
Բայց նրան սիրեցին իր ուսանողները։ Հենց Թիֆլիսում նա ավարտեց իր անմահ «Պատարագը», որի առաջին գնահատողները եղան իր աշակերտները` այդ թվում Կոմիտասը։ Իսկ Կարա- Մուրզան ուղղակի պետք է արձանագրեր, որ դրանով նա իր «հեղինակությունն անմահացրեց ու գլխավորը՝ ազգին մատուցեց այն մեծ ծառայությունը, որի ծարավն ամեն րոպե զգալի էր»։
Նրա մահից մեկ դար հետո էլ Հայոց եկեղեցիներում կիրակի օրերին պատարագի ժամանակ նաև Մակար Եկմալյանի երկրային ձայնն է հասնում Աստծուն՝ իր հետ տանելով մերօրյա հավատացյալի ցավը, ապաշխարանքը, երախտապարտությունը։
