Կարեն Թոխաթյանը 27 տարվա աշխատանքային ճանապարհը ԳԱԱ պատմության ինստիտուտի հին դարերի պատմության բաժնում շարունակվում է մինչև այսօր: Նա 25 գիտական հոդվածի հեղինակ է, հետազոտությունները ներկայացվել են ավելի քան 30 գիտահանրամատչելի հրապարակումներում, զեկույցով մասնակցել է հանրապետական և միջազգային մոտ 45 գիտաժողովի, ելույթ է ունեցել ժայռապատկերագիտական և hնաստղագիտական միջազգային 8 գիտաժողովի:
